Yeni Nesil Genomik Çalıştayı

BİLGİ Genetik ve Biyomühendislik Bölümü'nün düzenlediği, NGS verilerini işlemek ve yorumlamak için gereken çalışmaların yapılacağı "Yeni Nesil Genomik Çalıştayı" 24-25 Haziran'da santralistanbul Kampüsü'nde. Kayıt için son gün 14 Haziran.

Başvuru için tıklayınız!

İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü tarafından düzenlenen çalıştay genomik uygulamalara giriş̧ yaparak gen ekspresyonu ve genomik varyasyonların analizi için yeni nesil sekanslamanın (NGS) kullanımına odaklanmaktadır. NGS verilerinin islenmesi için analitik iş akışları sunulacak ve öğrencilere temel istatistik, hesaplama ve biyoinformatik becerileri kazanma ve NGS verilerini islemek, analiz etmek ve yorumlamak için gereken analitik yaklaşımlara aşina olma fırsatı sağlanacaktır. 

Eğitmenler:  
Mohamed Hamed Fahmy PhD (University Medical School Rostock, Rostock, Almanya)   
Yvonne Gladbach, PhD Candidate (Heidelberg University, Heidelberg/ University Medical School Rostock, Rostock, Almanya)  
Özlem Ulucan Açan, PhD (İstanbul Bilgi Üniversitesi Genetik ve Biyomühendislik Bölümü)

Kimler katılabilir? 
Bu çalıştay, Biyomühendislik, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Tıp, Biyoloji ve diğer ilişkili disiplinlerin lisans öğrencileri için hazırlanmıştır. Bununla birlikte, araştırmalarında NGS teknolojilerini ve ilgili biyoinformatik yöntemleri kullanmayı planlayan yüksek lisans, doktora öğrencileri ve araştırmacılar da memnuniyetle katılabilirler.

NGS teknolojilerine ve kullanım alanlarına aşinalık ve Unix/Linux ortamı ve R/Bioconductor ile ilgili sınırlı da olsa bir miktar tecrübe aranmaktadır.

Katılımcıların dizüstü bilgisayarlarını getirmelerine gerek yoktur; bilgisayar, gerekli yazılımlar ve analiz edilecek veriler BİLGİ tarafından sağlanacaktır.

Katılımcı sayısı 35 ile sınırlıdır. Katılımcılara eğitim sertifikası verilecektir.

Çalıştay Öğrenme Çıktıları:
Çalıştay sonunda katılımcılar;

• NGS verisinin kalite kontrolünde uygulanan prensipleri, NGS verilerinin referans genoma hizalanmasını, varyant çağrılması ve varyant anotasyonunu ve verideki mutasyonları belirlemek için kullanılan filtreleme stratejilerini tartışma becerisi kazanır.
• Temel RNA-seq veri analizini yapabilme ve bu analiz için gerekli yazılım paketlerine aşinalık kazanır.
• Varyant çağırma ve RNA-seq veri analizi için kullanılan iş akışlarına yönelik deneyim edinir. 

Eğitim dili: İngilizce

Son kayıt tarihi: 14 Haziran 2019

Kayıt ve ödeme için tıklayın. 

Ücret:
Öğrenciler: 850 TL (KDV dahil) 
Diğer: 1.750 TL (KDV dahil)

İletişim: [email protected] / [email protected]

PROGRAM: 
Toplam 21 Saat (6 saat ders + 15 saat uygulama)

24 Haziran 2019 

09.00-10.00       Kahve & Kayıt 

10.00-10.15         Karşılama & Bilgilendirme 

10.15-11.00          Ders 1: NGS’ye Giriş 
-Genom dizilemenin tarihi 
-Dizileme teknolojileri/nesilleri 
-Dizileme teknikleri (sentezleme ve ligasyon) 

11.00-11.15         Kahve arası 

11.15-12.00        Ders 2: NGS Planlama ve İş akışları 
-NGS sınırları 
-Deneysel planlama (Chip-seq, RNA-seq, WGS, miRNA-seq, Bi-sülfit dizileme,..etc) 
-NGS deneysel kılavuz (10 temel kural) 
-NGS analizi iş akışı 
-NGS dosya formatları (.fasta, .fastq, .vcf, .sam,.bed) 

12.00-13.00       Öğle yemeği 

13.00-15.00       Uygulama 1: "Bash Betiği ve Samtools" 

15.00-17.00       Uygulama 2: "R’ye Giriş" 
(Temel R sentaksı, I/O işlemleri, veri çerçevelerini değiştirme ve veri görüntüleme: barplot, Venn diyagramı ve heatmap)

25 Haziran 2019 

09.30-10.15       Ders 3: Tüm Genom/Ekzom Dizileme Analizi (WGS, WES) 
-WGS ve WES’e giriş 
-WGS/WES analizi iş akışı 
-Kalite kontrolü 
-Hizalama ve haritalama 
-PCR tekrarlarının silinmesi 

10.15-10.30        Kahve arası 

10.30-12.00       Uygulama 3: "WGS/WES Önişleme" 

12.00-13.00       Öğle yemeği 

13.00-14.00       Ders 4: Akış Aşağı Varyant Analizleri 
-SNP çağırma 
-SNP anotasyonu 
-Varyant analizleri ve mutasyon tipleri 
-Veri görüntüleme 

14.00-17.00       Uygulama 4: "Akış aşağı WGS/WES analizleri" 

26 Haziran 2019 

09.00-10.00       Ders 5: RNA-seq 
-Kodlama yapan ve kodlama yapmayan RNA'lara giriş 
-RNA-seq ve miRNA-seq 
-RNA-seq analizi iş akışı 
-Kalite kontrolü 
-Hizalama ve Haritalama 
-PCR tekrarlarının silinmesi 
-Transkript ekspresyonu miktar tayini 

10.00-10.30       Kahve arası 

10.30-12.00       Uygulama 5: "RNA-seq Önişleme" 

12.00-13.00       Öğle yemeği 

13.00-14.00       Ders 6: RNA-seq Akış Aşağı Analizi 
-Diferansiyel ekspresyon analizi 
-Fonksiyonel zenginleştirme analizi 
-Veri görüntüleme 

14.00-17.00       Uygulama 6: "RNA-seq Verisinin Akış Aşağı Analizi"

17.00-17.30       Kapanış ve Geri Bildirim

Editör - Ece İçmez